据闫小培介绍，当时深圳市政府对南科大是这样设计的：在办学体制机制上，尽可能减少行政干预，能突破的尽量突破；办学经费方面，主要由政府投资，再吸纳民间资金，成立基金会统一管理和运作；办学方式上，各学院可跟国外知名大学合办，让南科大可以“一下子在一个国际的平台上成长”；人才选聘上，将提供有国际竞争力的薪酬待遇，先全球选聘校长，再由校长出面，招学术带头人，学科带头人则负责招聘学术团队成员，中国在海外工作的少壮型学术人是招募的重点。

　　深圳对一流大学的渴望十分急迫。“现在来办高校，不能走过去的老路——先申办专科，再申办本科，再申办研究生教育。这样走，没有二十几年办不下来。我们希望在机制上有所创新，高起点，高标准，高水平，一步到位，瞄准世界一流的研究型理工科大学来做。”闫小培说。

　　她还表示，深圳参照对象是香港科技大学。“参照他们好的机制和做法，不过绝不照搬，因为有内地的国情。”

　　创立于1991年的港科大由香港政府投资，以科学、技术、工程、管理、和商业课程为教育方向，从建校之初就定位为高度国际化的研究型大学，力求在每一个精选的教研领域里走在国际前沿。建校不足十年，就成为世界大学排名的前50名，其“EMBA课程”与“机械工程研究发表量”更是世界第一，被称为学界奇迹。

　　该校创校校长吴家玮告诉本刊记者，港科大成功的最关键因素是人才。他1988年底以美国旧金山州立大学校长（美国高校史上第一位华人校长）的身份被聘为港科大校长，当时香港士气低落，“本本主义”亦是主流，但由于对高校自身成长的设置未作过多限制，他到任后得以把一半以上的精力都放在“请人才”事务上。他到港科大后不久，就聚拢了一个庞大的人才搜罗网络。1991年开学时，该校80％以上的学院都请来了该学科领域中最好的人才，为日后的跨越式发展打下坚实基础。

　　难获“准生证”

　　深圳的大学梦与中国教改热潮相遇。该校2009年已被国家教育部确定为国家教育综合改革试点。2010年12月6日，国务院办公厅《关于开展国家教育体制改革试点的通知》下发，提出探索现代大学制度。然而，作为践行者，朱清时感到步履艰难，“最难的地方就在于束缚太多，冲破一层，还有一层。”

　　他所指的困难主要来自对“超常规办学”的政策或制度束缚。现年65岁的朱清时是中国科学院院士，原中国科学技术大学校长，享受副部级待遇，向以富有改革精神而著称。2009年9月，深圳市政府通过全球选聘的方式，将他从200余候选人中遴选而出。

　　到任后，朱清时提出的第一个理念是“去行政化”。他摘去副部级官员的帽子，表示不再实行任何行政级别，并宣称废除“谁的官帽子大谁说了算”的旧机制，推行“教授治学”模式。

　　现实壁垒之强硬，超出了他最初的设想。2007年底，深圳向国家教育部提出南科大筹建申请。一位事件参与者告诉本刊记者，深圳市政府原预计教育部的筹办批文可在2008年四季度下发，2009年9月，南科大就可招生办学。然而，截至本刊记者发稿，教育部对南科大的筹办批文仍未送达。

　　“深圳要非常规地办这个南科大，教育部一开始是不同意的。”朱清时告诉本刊记者，“因为国家有个普通高等院校设置的规定，建一所新的大学，要先建大专，干得好才能申办本科教育，等够足够年限才能申办研究生教育，最后到建博士点，大概要25年。这个政策是‘一刀切’，中国所有大学都是这样，要给南科大破例争议很大。”

　　争议来自各个方向。朱清时上任不到一个月，“国家审计署来了，说南方科大未批先建，是违规的”；紧接着听说教育部要叫停南科大，因为该校还没获得其批准，就已开建，并且对媒体公开讲述办学方针。

　　几次都是命悬一线。“后来情况表明，还是有人在支持我们，很多人希望我们能走出来”。然而，困境一直伴随，如今朱清时陷入了第三次低谷。“目前对我们筹建，争议应该不大了，批文只是时间问题，但招生权要不要给我们，争议仍然很大。”朱清时说。

　　根据国务院1986年公布的《普通高等学校设置暂行条例》，一所新学校要获得招生权，必须满足包括大学行政人员配备比例、师资配备比例、专兼职教师比例等五大条件。“规定非常死，我们目前满足不了。”朱清时说，

　　在他看来，这份24年前的暂行规定“剥夺了大学招生和授学位的核心自主权，导致中国大学缺乏内在的发展活力”。为争取改革时间，朱清时称他不得不作出“自主招生、自主办学、再自发文凭与学位”的决定，“这是改革先行先试的内容之一，也是大学回归办学自主权的重要尝试”。